土壌汚染が存在する土地を売却するにあたり、予想されるリスクとして売主・買主間における契約上のトラブルがあります。
土地に土壌汚染が存在することを買主に知らせずに売却した場合や、知らせている以上の土壌汚染物資や基準超過が発覚した場合などに、売主に瑕疵担保責任が生じ、土壌汚染対策費用の負担が必要となる場合があります。また、土壌汚染の存在を買主に知らせないことは説明義務違反にもあたり、損害賠償や売買契約解除などに発展するケースもあります。
このようなリスクは、契約者間で瑕疵担保責任免除特約などの取り決めを設けることで、ある程度の対策を取ることが可能ですが、当事者の予想する範囲を明らかに超える瑕疵が生じた場合（例：著しい土壌汚染の発覚、人への健康被害の発生）は、売主に責任が生じる場合があります。
これらリスクを回避するため、土地売買の際は売却に先立ち、売主の負担で土壌汚染状況調査を実施する事例が多くあります。
